W przeszłości Dolina Kościeliska była związana z przemysłem hutniczym. Srebro, miedź i antymon wydobywano tu już od końca XVw. Od końca XVIIIw. wydobywano głównie rudy żelaza. W Starych Kościeliskach przetapiano tę rudę, była kuźnia, chaty robotników, karczma, leśniczówka i kościółek dla robotników.

Od kościółka pochodzi nazwa doliny.

Karczma o której wspomniano powyżej, stała na polanie przy mostku prowadzącym do Lodowych Źródeł i Bramy Kraszewskiego, dzierżawił ją od hrabiego Władysława Zamoyskiego Jan Słowiński.

Przez Dolinę Kościeliską, a dalej przez Tomanową Przełęcz prowadziła trasa na Słowację, którą podróżowali kupcy z jucznymi końmi i przemytnicy. Na trasie napadali nieraz na nich zbójnicy, o czym świadczą historyczne przekazy, a także nazwy skał za którymi czyhali zbójnicy: Zbójnickie Okna, Zbójnicka Turnia, Zbójnicki Stół.

Pod koniec XVIII wieku w Dolinie Kościeliskiej pojawili się w niej pierwsi turyści, od 1815r. Dolina stała się już dla turystów bardzo popularna – wędrowano nią aż na szczyt Bystrej, by podziwiać wschód słońca.

Natchnienie do swoich utworów czerpali tu tacy znani twórcy, jak: Deotyma, Wojciech Gerson, Seweryn Goszczyński, Walery Eljasz-Radzikowski, Kazimierz Przerwa-Termajer, Stefan Żeromski i wielu innych.

W leśniczówce utworzono pierwsze schronisko. Jan Gwalbert Pawlikowski zaczął badać i opisywać jaskinie. W czasie II wojny światowej w Dolinie ukrywał się oddział partyzancki im. Szczorsa, a samą Doliną Kościeliską kurierzy tatrzańscy przeprawiali osoby, których życie było zagrożone przez okupanta.

Dolina Kościeliska była też ulubionym miejscem dla poszukiwaczy skarbów, o czym świadczą liczne, pozostawione przez nich znaki na skałach.